El Club Náutico Mar de Levante fue fundado el 19 de marzo del 2003 en La Línea de la Concepción. Este proyecto se inició para dar infraestructura náutica-deportiva a la zona de levante en la costa mediterránea, ya que todas las instalaciones existentes en la ciudad están ubicadas en la zona de poniente, que dependen de la Autoridad Portuaria Bahía de Algeciras A.P.B.A.

Por este motivo, un grupo de pescadores deportivos de la ciudad, se reunieron para tratar el problema existente, que consistía en no tener posibilidad de atraque en la zona de levante dado que el puerto de la Atunara dependiente de la Junta de Andalucía sólo albergaba atraques de pesca tradicional. Eran muchas las veces que, ante cambios repentinos del tiempo, dado que la pesca se realiza generalmente en la zona de levante, se veían imposibilitados y desamparados ante el peligro del mar y no poder bordear el peñón de Gibraltar sin jugarse la vida teniendo un puerto muy cercano donde podían tener su atraque, o en último caso, dejar la embarcación atracada en la playa cuando el temporal no daba otra posibilidad.

Decidieron fundar un club náutico para dar carácter oficial al proyecto para que el puerto de la Atunara albergar actividades náuticas-deportivas al mismo tiempo que pesca tradicional. Algo además de compatible, era lógico, necesario y beneficioso para todas las partes.

Desde 2003 llevaba esperando la concesión de la licitación pública del nuevo puerto que se ha ido retrasando debido a diferentes motivos fundamentalmente administrativos, pero finalmente se consiguió la concesión para un puerto que se ejecutaría en dos fases, la primera de ella de 119 atraques.

Pero en el momento de la concesión el club se encontró de llenos con el periodo de recesión económica que causó la baja de numerosos socios al no poder hacer frente al mantenimiento de la cuota y también a una cierta pérdida de credibilidad de la entidad, que llevaba años  esperando la ejecución del puerto sin su ejecución definitiva.

En dicho momento inició los trámites para conseguir financiación pública a través de subvención ante el Grupo de desarrollo pesquero Cádiz-Estrecho, pero la resolución de concesión fue negativa, por lo que el club tuvo que abandonar el proyecto de los 119 atraques y rediseñar el proyecto ajustándolo a la realidad actual, ya que cuenta con 42 socios comprometidos con la ejecución del proyecto para poder adquirir un atraque.